A auditoria de desempenho e a avaliação de programa, também denominadas Auditorias de Natureza Operacional - ANOP, têm como enfoque os resultados da gestão governamental, diferentemente da auditoria de conformidade que se concentra nos aspectos da legalidade da administração pública.
 
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Uma das características dessa modalidade de auditoria é o envolvimento do gestor público nas fases do trabalho. A participação do gestor é fundamental para o sucesso da auditoria, desde a etapa de seleção do tema e definição do escopo da auditoria até a caracterização dos achados e possíveis recomendações. Esta modalidade de fiscalização incentiva a apropriação dos resultados da auditoria por parte do gestor e a efetiva implementação das recomendações propostas.

 

A Organização Internacional de Entidades Fiscalizadoras Superiores - INTOSAI, considera a avaliação de programa uma importante vertente das auditorias de desempenho. A avaliação de programas objetiva examinar os programas de governo, verificando os seus efeitos na sociedade e identificando pontos de melhoria para o aperfeiçoamento dos resultados propostos, buscando a eficiência, eficácia, economicidade e efetividade da gestão pública.

 

A participação dos beneficiários dos programas avaliados pelo controle externo e da sociedade civil organizada também é um aspecto importante, pois permite incorporar a perspectiva dos usuários e a opinião de especialistas no processo de avaliação e ainda contribuir para o fortalecimento do controle social a partir da ampla divulgação dos relatórios de auditoria.

 

Outra característica da ANOP é a variedade de métodos e técnicas empregados. Na sua grande maioria, essas técnicas, desenvolvidas em outras áreas de conhecimento, foram adaptadas para os objetivos da auditoria de desempenho.